Ihminen loi cylonit. Ne kehittyivät. Ne nousivat kapinaan.
40 vuotta ensimmäisen cylon-sodan jälkeen cylonit palasivat ja lähes tuhosivat kaksitoista siirtokuntaa. Kokoamalla siviilialukset yhteen jo vanhentunut taisteluplaneetta Galactica onnistui pakenemaan hyökkäystä ja lähti etsimään legendaarista kolmannentoista ihmisheimon kotia - planeettaa nimeltä Maa.
Kuukausia kestäneen jahdin jälkeen siirtokuntalaivasto - Galactican suojeluksessa - yhdistyi toisen cylon-hyökkäyksestä selvinneen taisteluplaneetan Pegasuksen kanssa. Yhdessä he onnistuivat vastahyökkäyksessä tuhoamaan cylon-laivaston ylösnousemusaluksen.
Raivoissaan ylösnousemusaluksensa tappiosta, cylonit aloittivat massiivisen vastahyökkäyksen siirtokuntalaivastoa vastaan. Siirtokunnat eivät olleet valmistautuneet, ja ainoa mahdollisuus oli hätäinen hyppy. Mutta jotain meni vikaan. Molempien laivastojen FTL-moottorit ylilatautuivat massiivisesta energiapulssista ja heittivät kontrolloimattomalla hypyllä laivastot kauas pois kurssiltaan.
Battlestar Galactica Onlinessa molemmat laivastot - cylon ja siirtokunnat - löytävät itsensä tuntemattomalta alueelta, galaksin reunalta. Pahasti vahingoittuneina ja vähin raaka-ainein laivastot taistelevat aikaa vastaan korjatakseen ja aseistaakseen aluksensa. Tyliumin, metallien ja vesivarojen herruus on varmistettava. Siirtokuntalaivasto etsii kuumeisesti pakotietä päästäkseen jatkamaan Maan etsimistä, ennen kuin cylonit vahvistuvat ja saavat ihmiset kertaheitolla pois päiviltä.
